第３回 シナリオ名：電脳の黙示 あらすじ：無事に“氷の魔神”を退けたPCたちだったが、魔王はメリルを含む集まった鍵を用いて“ダブルクロス”の世界である“ロストエデン”を崩壊させようとする。徐々に崩壊してゆくロストエデン、光の宝珠に導かれたPC達は、魔王に戦いを挑む…… 魔王が崩れ落ちたとき、“プリズナー”達は解放され、それぞれの目覚めを迎えるのだった。と、このシナリオが非常に短いのは仕様です。
第４回 シナリオ名：日常の憂鬱 あらすじ：元の生活へと戻って行ったPC達。しかし、八雲いづみには新たな任務が与えられる。それは、“ダブルクロス”製作チーム“ツインクロック”に関する調査。一方その頃、森下タケルはメリルのプレイヤーである小鳥遊柚子〈タカナシユズ〉から相談を受ける。目覚めてから、誰かに見張られているような気がする、と。そして、西園寺七海のネット内でのスールである森下翔子が、ツインクロックメンバーの手によってさらわれたところから事態は急展開を見せる。実は彼女はタケルの腹違いの妹で…… 結局、翔子を取り戻そうとしたPC達だったが、相手の目論見通りに柚子を連れ去られてしまい、翔子も撃ち込まれた特殊な薬品によりオーヴァード化。なんとか取り押さえたものの、非常に危険な容態になってしまうのだった。ちなみに早瀬孝之はいろいろ面白い動きは見せましたが、話には直接は関わってきませんでした。
第５回 シナリオ名：新しい世界 あらすじ：さらわれた柚子を取り戻そうと調査を続けるタケルの前に、タケルの従兄弟であり、ツインクロックメンバーの森下弘司〈モリシタコウジ〉が姿を現す。しかし、彼の口から告げられたことは、驚くべきことだった。弘司の中には、タケルの父である森下良〈モリシタリョウ〉の精神が入っており、さらにタケルは良のクローンであり、純粋な起源種のレゲネイドウィルスを宿しているというのだ。過去の実験の事故で己の肉体を失った良は、タケルに自分に代わって新しい人類を統べる者にならないか？ と誘いをかける。しかし、タケルはそれを断り父との対決への道を選ぶ。一方で七海は、一向に意識の回復しない翔子を助けるべく、翔子に薬品を撃ち込んだツインクロックのメンバーを探し出し、薬品のサンプルを回収することを決意する。しかし、いづみにはUGNから、タケルを今回の件から手を引かせるようにとの命令が下っていた。さらには、世界を統べる力を自分の物にできないかと画策する孝之も加わって、物語は終わりへと突き進んでゆく…… 激しい戦いの末、良を倒し、その片腕であった志藤美緒〈シドウミオ〉を捕らえることができたPC達。タケルと七海の元には、柚子と翔子が戻り、ともに平穏な日々がおとずれる。しかし、いづみには、美緒を連れてロシアへと飛び立った孝之を追うという新たな任務が下るのだった。孝之の暴走と、いづみの苦労はまだ終わらない…… って、こんな締めで良いのだろうか？
